Město známé z písničky "Kdyby byl Bavorov, co jsou Vodňany" a proslulé chovem ryb leží v rybničnatém prostředí Českobudějovické pánve při řece Blanici asi 28 km severozápadně od Českých Budějovic ve výšce 398 m nad mořem.

Město bylo založeno zřejmě ve druhé polovině 13. století králem Přemyslem Otakarem II. v místech staré rybářské osady Vodná. Již roku 1336 byla obci udělena městská práva. V době husitských válek byly Vodňany jednou z největších husitských opor. V 15. století přispělo k rozvoji města rýžování zlata a zakládání dalších rybníků. Třicetiletá válka Vodňany značně poškodila a rozvoj města se zastavil. Neutěšenou hospodářskou situaci města zhoršil rozsáhlý požár, který zde vypukl v roce 1722. K novému rozvoji města došlo až v 19. století. Počátkem 20. století (1920) zde byla založena odborná rybářská škola.

Ve městě se dochovaly zbytky opevnění z první poloviny 15. století se třemi baštami a příkopem.
Na vodňanském náměstí s kašnou z dvacátých let 20. století se dochovalo několik renesančních domů spolu s původně raně gotickým chrámem Narození Panny Marie. Kostel je dvoulodní a byl postaven v letech 1415-1435. V osmdesátých letech 16. století byl upravován a v letech 1894-1897 byl regotizován. Na výzdobě kostela se podílel návrhy i vlastní tvorbou Mikoláš Aleš. Zařízení kostela je pseudogotické.
Ve městě stojí ještě empírový kostel svatého Jana Křtitele z roku 1844.
V budově radnice na náměstí a v bývalé synagoze je umístěno městské muzeum s expozicemi o historii města, rybářství a rybníkářství.

Ve Vodňanech se narodil známý humanista Mistr Jan Campanus Vodňanský. Pocházel odsud také spisovatelé František Herites a Natanael Vodňanský z Uračova.

Nedaleko Vodňan se nachází vrch Lomec, na jehož vrcholu stojí barokní poutní kostel Jména Panny Marie.